Dịch vụ sửa chữa, đóng mới tàu biển của Tổng Công ty do các Công ty thành viên đảm nhận: Công ty PTS Hải Phòng tại Hải Phòng và Công ty Pjtaco tại Cảng Nhà Bè – TP.Hồ Chí Minh, với đội ngũ công nhân lành nghề, chuyên nghiệp, cơ sở vật chất kỹ thuật hiện đại, đáp ứng các tiêu chuẩn khắt khe về bảo vệ môi trường, hàng năm thực hiện việc sửa chữa cho trên 100 lượt tàu và có khả năng đóng mới tàu trên 2000 DWT.